Debian verwendet seit Debian 4.0 (etch) als Standard X-Server X.Org. Der X-Server ermittelt die notwendige Konfiguration für Grafikarten und Eingabegeräte automatisch, es sollte keine Änderung an der Konfiguration notwendig sein.
Bei Probleme mit X autoconfigure das Log-File /var/log/Xorg.*.log konsultieren, die Devices werden über udev gefunden.
Grundsätzlich wird hier beschrieben wie bei einer Grafikarte mit mehreren Anschlüssen die Anschlüsse jeweils einem Monitor zugewiesen wird,
die Manpage man xorg.con und debian.org sorgen für das notwendige Hintergrundrauschen.
Eine funktionierende xorg.conf ist immer eine gute Basis für individuelle Anpassung.

xorg.conf erstellen

Als root in /etc/X11 mit

Xorg --configure

eine neu Konfiguration erstellen, mit

Xorg --config xorg.conf.new

wird die neu erstelle Konfiguration gestartet, ein -br macht den Hintergrund weiss. Mit Strg+Alt+F1 auf die Console zurück, Strg+C beendet X.
Die Datei nach /etc/X11/xorg.conf verschieben/umbennen. MIt xinit wird X mit einem X-Term gestartet, mit startx wird eine komplette X-Session gestartet.

xorg.conf konfigurieren

Section "Device"

Die automatische Konfiguration schreibt aufgrund des ermittelten Treiber, alle möglichen Options als Kommentare hinzu. Komplexere Treiber haben eigene Manpages, z.b radeon unter man radeon
BusID wird Aufgrund der Ausgabe von lspci -v | gep VGA ermittelt

$ lspci -v | grep VGA
01:00.0 VGA compatible controller: Advanced Micro Devices, Inc. [AMD/ATI] Cedar [Radeon HD 5000/6000/7350/8350 Series] (prog-if 00 [VGA controller])

01:00.0 wird dann zu

    BusID       "PCI:1:0:0"

Die Anschlüsse der Monitore werden mit grep Output /var/Xorg.0.log gefunden, hier 2x DVI

$ grep Output /var/log/Xorg.0.log
[ 15735.959] (II) RADEON(0): Output DVI-0 has no monitor section
[ 15735.991] (II) RADEON(0): Output DVI-1 has no monitor section

Mit der Option "monitor-" können "Monitor"-Sections zugewiesen werden

        Option      "monitor-DVI-0" "Monitor links"
	Option      "monitor-DVI-1" "Monitor rechts"

Die Zuordnung der Grafikarten-Anschlüsse zu den Monitoren wird mit

$ grep monitor /var/log/Xorg.0.log
[ 15816.757] (II) RADEON(0): Output DVI-0 using monitor section Monitor links
[ 15816.791] (II) RADEON(0): Output DVI-1 using monitor section Monitor rechts
 

kontrolliert.

Section "Monitor"

Bei mehreren Monitoren und wenn RandR 1.2 aktiv ist, können hier die physikalische Anordnung der Bildschirme beschreiben werden

Section "Monitor"
	Identifier   "Monitor links"
	VendorName   "ASUS"
	ModelName    "VE258"
EndSection

Section "Monitor"
	Identifier   "Monitor rechts"
	VendorName   "ASUS"
	ModelName    "VE258"
	#randr options
        Option       "RightOf" "Monitor links"
EndSection

Die anderen Sections sind dann eigentlich selbsterklärend bzw gibt's im Internet genügend Anleitung...